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在这种拼命的工作状态下，油田的产量得到回升，炼化业务持续盈利，工程技术单位找到新的出路，油田员工的钱袋子鼓了起来，但是陈建军的身体却再也支撑不住了。
“建设百年油田的重任落在我们这一代人的肩上，我们一定要让石油摇篮这面旗帜永远在祁连山上高高飘扬”
陈建军担任玉门油田分公司总经理后，干的第一件事情就是围绕扭亏脱困和高质量建设百年油田的课题，和领导班子成员谈论研究，提出了油田上下游一体化、主营业务与工程技术服务一体化、勘探开发一体化“三个一体化”的发展思路，明确了优先有效发展勘探开发业务，稳健高效发展炼油化工业务，协同有效发展工程技术服务业务工作的战略布局。
为了找准油田的出路，他一次次组织班子成员召开专题会议，组织各单位的负责人开座谈会，他强忍着病痛和疲劳，认真听取着每一位的发言，认真和大家探讨，每次会议结束都到了深夜。他经常说：“石油摇篮这面旗帜必须在我们手里继续高高飘扬”。就是怀着这种强烈的使命感和责任感，他一边接受医院化疗，一边坚持工作到深夜。
玉门炼油化工要转型升级。但是一个老厂子，转型升级谈何容易，缺设备、缺装置、缺项目、缺投资、缺市场。每当遇到困难的时候，陈建军就会说：“干事业哪有这么容易的，我们总不能一遇到困难就想着退缩，那样是干不成事情的。”
2018年5月，炼化总厂分管销售的副厂长赵万恒正在河北廊坊出差，中午接到正在嘉峪关机场候机的陈建军的电话，电话那头传来急切的声音：“万恒，你在河北出差吗？明天能不能抽出一天的时间来?”在得到了肯定的答复后，陈建军说：“那你晚上赶到北京，集团公司润滑油公司明天有个润滑油市场研讨会，我们去要项目，要市场，晚上我们好好准备一下，这可是关系到炼化转型升级的大事！”
由于飞机晚点，当天晚上12点，陈建军冒着大雨才赶到北京。赵万恒来到他的房间时，他刚吃完药。赵万恒看到他疲惫的面容，鼻子一酸，准备好的汇报变成了一句关切：“陈总，要不您先休息，我回去准备好了，明天一早再过来向您汇报。”陈建军挥了挥手说道：“那怎么行，明天的事很重要，没有市场，我们的转型升级就是一句空话，今天晚上我们得好好准备。”“那您的身体？”赵万恒担心地问道。陈建军喝了一口水，笑了笑说：“放心，不碍事，我们现在要谈的才是大事。”就这样，陈建军和赵万恒在宾馆就润滑油市场争取的资料，准备到凌晨三点多。第二天一早，陈建军就带着他，向总部汇报。
2019年初，陈建军拖着患病的身体，召集领导班子反复研讨，组织各部门、各单位反复论证，形成了“三年扭亏为盈、五年重上百万，高质量建设百年油田”的战略部署，并绘就了时间表和路线图。在油田“两会”上得到了代表们的一致通过。
2018年4月15日，化疗针头刚拔掉，陈建军就立即前往环庆分公司现场调研。就在嘉峪关机场候机时，他突然接到电话得知北京沙滩宾馆对外租赁合作的事情出现了意外。到西安后，他顾不上化疗后虚弱的身体和一天的劳累，连夜召集会议讨论沙滩宾馆外包方案，详细了解进程和困难，争取双方都能接受的合作条件。
16日至18日，他参加了集团公司在西安召开的鄂尔多斯盆地2018年勘探技术座谈会，并在会上作了专题发言，赢得与会领导的肯定。
19日下午，他到庆阳石化公司进行考察交流。
20日一大早，他冒雨驱车赶到环庆分公司工作现场进行调研，慰问一线员工，查看料场和库房，了解地质情况。当时化疗药物反应很强烈，食欲很差，加之长途颠簸休息不足，整个人看上去疲惫不堪。
4月21日上午，他又听取了环庆分公司及其他配合单位的工作汇报。下午，他带着环庆分公司需要协调解决的问题，又急匆匆地回到油田。到家时，已是晚上十点多了。而第二天上午一上班，他就召开班子会议，专题研究环庆分公司提出的需要协调解决的问题。
在生命的最后日子里，他还倚在病床上，打着点滴，身上插着各种管子，处理着工作。无论谁去看望他，他问的第一句话永远是油田的生产情况。每天早晨第一件事情，他就是查看油田生产运行处发到手机上的生产动态，哪口井产量好了，哪个单位经营状态好转了，他都能多喝一口粥。油田各部门去汇报工作，他都打起精神一一解决，确保每项工作能顺利进行。
5月28日19时，夕阳西下的最后一缕晚霞照进了病房，陈建军停止了呼吸，永远地离开了他挚爱一生的石油事业，离开了生他养他的油田。
祁连山含悲，石油河呜咽。“学石油干石油一生忠诚献石油，想玉门为玉门一片丹心照玉门。”悬挂在追思会遗像两侧的挽联就是陈建军一生的真实写照。
正如集团公司副总经理侯启军说的那样：陈建军同志是玉门油田——中国石油工业摇篮这片热土培养锻炼起来的优秀干部，他用自己的一生，践行了石油精神的内涵，把毕生的心血和智慧，奉献给了石油事业，奉献给了玉门油田。
完成他未竟的事业，就是对他最好的纪念。员工们纷纷表示：“要化悲痛为力量，做好本职工作，实现他确定的‘三年扭亏为盈，五年重上百万’的目标，把他深爱的玉门油田高质量建成百年油田。”
真心有多重，爱就有多深，把所有的伤痛藏在心里，把仅有的生命奉献给热爱的玉门油矿、亲爱的油矿员工。这就是他，油田赤子——陈建军。