（接1版）于2018年12月由译林出版社出版发行，分为上下部，共计109万字。小说描述了1910年至1938年之间，发生在河西走廊，尤其是敦煌大地上的一系列惊心动魄的历史事件，集中展示了西部人民寻路、开路、拓路的现实遭际与心路历程。《敦煌本纪》讲的是敦煌的故事，是河西走廊的故事，更是中国的故事。小说自2018年出版后，先后获得第十届茅盾文学奖提名、第四届施耐庵长篇叙事文学奖、第七届《芳草》文学女评委奖大奖、第五届中国出版政府奖图书提名奖等荣誉，一度引发“敦煌本纪热”。

作为以小说笔法为敦煌立传的首部长篇巨制，《敦煌本纪》是一部饱含西部精神和文化符码的恢弘之作、磅礴之书。作者叶舟以深邃的历史视野和宽厚的人性情怀，生动而绵密地叙述了敦煌沙州城内三大家族几代人在20世纪宏阔历史中的命运沉浮，塑造了一系列性格鲜明、充满活力的人物形象。整部作品意蕴丰厚、气象开阔、汁液饱满、元气淋漓、张力十足，极大地丰富了中国当代文学的地理版图，呈现了崭新的艺术经验。有评论家说，河西走廊有了这部《敦煌本纪》，正如关中平原有过一部《白鹿原》。

“敦煌文化是我们文明的一盏明灯，这盏灯同样照亮着敦煌大地及这片土地上的人们。叶舟就是秉持虔诚谦卑的心态，将《敦煌本纪》献给这片大地和大地上的人们。这部书的记述是雄伟壮阔的，是和这个大地上的人们相匹配的。敦煌莫高窟一共有375个窟，叶舟是以他的文字在凿第376个窟。”在2019年12月于中国作协举行的叶舟长篇小说《敦煌本纪》研讨会以及2021年5月于敦煌举行的叶舟长篇小说《敦煌本纪》精装典藏版首发式暨作品分享会上，中国作协党组成员、副主席李敬泽如是说。近年来，《敦煌本纪》所引发的关注热度在持续发酵，包括影视剧和舞台剧在内的其他艺术形式对其的深度挖掘，也在紧张进行中。

敦煌，在叶舟的话语体系中，不只是莫高窟，也包括河西走廊乃至整个丝绸之路，是“中国文化的边疆”，多种文化的中枢，也是他写作的“母题”。多年来，叶舟始终怀着虔诚和谦卑的态度在书写这片大地，书写这片大地上的人民，书写大西北人的生命史。